En 1986 dentro del Programa de Operaciones se encontraba el subprograma de Vigilancia y Protección, conformado por los guardaparques, en aquel entonces se manejaban distintas tareas tales como: prevención de disturbios o destrucción de la flora y fauna del Parque, la eliminación de los vertederos ilegales dentro del área protegida (en las avenidas principales), prevención de incendio y vigilancia de las instalaciones manejadas por la administración del Parque. Las tareas de este subprograma se realizaban en conjunto con los guardaparques del INRENARE.

En 1999 este subprograma cambia a ser Unidad de Protección, luego en el 2006 pasa a ser Área de Protección Ambiental, posteriormente en el 2008 Departamento de Protección Ambiental nombre que se mantiene hasta la fecha.